സംസ്ഥാന പട്ടികജാതി വികസന വകുപ്പിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിലാണ് സ്കൂള് പ്രവര്ത്തിക്കുന്നത്. കേരള കാര്ഷിക സര്വ്വകലാശാലയുടെ വെള്ളായണി കാര്ഷിക കോളേജ് ഡീന് അദ്ധ്യക്ഷനായുള്ള അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് കമ്മറ്റിയും പട്ടികജാതി വികസന വകുപ്പ് ജോയിന്റ് ഡയറക്ടര് (വിദ്യാഭ്യാസം) അദ്ധ്യക്ഷനായുള്ള എക്സിക്യൂട്ടിവ് കമ്മറ്റിയും സ്കൂളിന്റെ ഉപദേശകസമിതികളായി നിലവിലുണ്ട്. കൂടാതെ രക്ഷാകര്ത്തൃ പ്രതിനിധികള് കൂടി ഉള്പ്പെട്ട സ്കൂള് മാനേജ്മെന്റ് കമ്മറ്റിയും നിലവിലുണ്ട്.
